На глазах Синдзи происходят ужасные события, мальчик погружается в себя, а в финале он узнает о еще одной стороне деятельности отца. Оказывается, что помимо защиты от Ангелов, он занимается разработкой Проекта Содействия. Согласно его концепции, люди утратили часть себя, и вернуться к истокам, к некой матери они смогут, если все души сольются воедино. Неужели человечество настолько изменилось, что перестало быть собой? Вместе с героями аниме зритель размышляет о судьбе мира и познает самого себя.